جامعة حجي تبه تضم العديد متنوعة من المعاهد والمراكز البحثية في مختلف التخصصات، وسنسرد في الفقرة التالية اهم هذه المراكز البحثية.

• معهد العلوم الصحية الذي يركز على الأبحاث المتقدمة في مجالات الطب والصحة العامة وعلوم الحياة، وبه التخصصات التالية: علم الأحياء الطبية، علم الأعصاب، علم الأوبئة، علم الوراثة.
• مركز الأبحاث في الأمراض المعدية، يهتم بدراسة الأمراض المعدية، تطوير اللقاحات، والعلاجات الحديثة، وبه التخصصات التالية: الأمراض المعدية، علم الفيروسات، علم الأحياء الدقيقة.مركز البحوث الصيدلانية يهتم بتطوير الأدوية الجديدة ودراسة تأثيراتها، وبه التخصصات التالية: الصيدلة، الكيمياء الطبية، التكنولوجيا الصيدلانية.
• مركز التكنولوجيا الحيوية يركز على استخدام التقنيات الحيوية في تطوير الأدوية والعلاجات الجديدة وبه التخصصات التالية التكنولوجيا الحيوية، الهندسة الوراثية، الأدوية البيولوجية.
• معهد العلوم الطبيعية والتطبيقية يختص بالعلوم الطبيعية والهندسية وبه التخصصات التالية، الكيمياء، الفيزياء، الهندسة الكهربائية والإلكترونية، هندسة الحاسوب.
• معهد العلوم الاجتماعية يركز على الأبحاث المتعلقة بالعلوم الاجتماعية والإنسانية، وبه التخصصات التالية: علم النفس، علم الاجتماع، التاريخ، الفلسفة.
• معهد طب الأطفال يهتم بالأبحاث المتعلقة بصحة الأطفال والأمراض المتعلقة بهم، وبه التخصصات التالية: طب الأطفال، التغذية، الأمراض المعدية.معهد الأورام يختص بالأبحاث في مجال علاج السرطان والتقنيات الحديثة المستخدمة في هذا المجال، وبه التخصصات التالية: علاج الأورام، البحث السريري، علم الجينات.
• مركز الأبحاث الصحية يهتم بأبحاث الصحة العامة والطب الوقائي، وبه التخصصات التالية: الطب الوقائي، الصحة العامة، الطب البيئي.
• مركز الأبحاث والتطبيقات في علم الأعصاب يهتم بدراسة أمراض الجهاز العصبي واستخدام التكنولوجيا الحديثة في تشخيصها وعلاجها. وبه التخصصات التالية: علم الأعصاب، الأمراض العصبية، التكنولوجيا الطبية.